Alquimia, numerología, ciencias ocultas, criptas y túneles inéditos son algunos de los secretos del templo. Los grandes monumentos, en especial las catedrales, encierran misterios insondables. La de León, marcada por el estigma de una ruina catastrófica, contiene enigmas que expertos, arquitectos e historiadores han sido incapaces de aclarar desde una perspectiva científica.
No todos los misterios han sido tan fáciles de resolver como el del topo que destruía por la noche lo que los maestros constructores levantaban de día. Como casi todas las leyendas, el topo no es más que una metáfora de la debilidad de un templo que estuvo a punto de desplomarse en el siglo XIX y que, aún hoy, es un milagro que siga en pie. La Catedral se erigió en un solar ocupado por varias construcciones sucesivamente superpuestas en el tiempo, lo que condujo a reaprovechar los cimientos anteriores. Sin embargo, el templo gótico superaba ampliamente, en planta y alzados, a los primitivos edificios -las termas romanas y la catedral románica-.
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